对全球癌症数据的分析揭示了肿瘤中替代性转换的可能性

来自科学，技术和研究机构(A * STAR)的新加坡基因组研究所(GIS)的科学家发现，许多人类癌症在基因激活方面表现出广泛的变化，同一基因使

用不同的起始位置来产生替代基因产物。先前未通过早期分析方法检测到的这些改变可以识别用于预测癌症患者存活和治疗的新靶标的新型生物标记

物。该研究于2019年9月5日在Cell上发表，并刊登在期刊的封面上。

人类基因组包含我们所有的基因。控制基因起始位置的区域称为启动子，或称为打开基因组中基因的“开关”。许多基因具有多个启动子，这甚至可

以导致相同基因的不同功能。

在这项研究之前，癌症研究人员缺乏对癌症基因中替代启动子的全面调查，以及不同的启动子是否会导致癌症患者临床行为的差异。

为填补这一空白，该团队设计了一种名为proActiv的专用软件，用于在全基因组范围内检测活化的启动子。proActiv中的基础算法适用于RNA1分析数

据，该数据通常由全球数百个实验室用于研究癌症。该团队将proActiv应用于来自18,000多个癌症样本的大量公开数据，并发现癌症基因的启动子经

常与其无癌症患者不同。他们还发现了与癌症患者存活率相关的特定活化启动子，代表了一类新的生物标志物。

地理信息系统的计算生物学家，该研究的共同高级作者JonathanGöke博士解释说，“我们设计了proActiv来进行RNA分析，它使我们能够使用最大的数

据集。首先，这是非常具有挑战性的它类似于解决成千上万件的拼图，其中许多部件几乎相同。但是，proActiv专门针对每个启动器的独特拼图进行

放大，可以高精度地检测不同的启动器。令人惊奇的部分是通过这个简单的想法，我们突然可以分析公众可以获得的TB级数据。数据就在那里，但是

关于发起人的信息是隐藏的。通过新方法，我们设法发现了这些隐藏的信息。“

在评论该研究时，MD安德森癌症中心基因组医学系主任Andrew Futreal博士说：“这项全球性研究的规模令人印象深刻。它揭示了替代启动子的使用

是许多癌症类型的共同特征。将激发更多关于控制这种转变的研究，以及我们如何利用这些信息来改善癌症患者的治疗效果。“

共同资深作者，地理信息系统执行主任，杜克新加坡国立大学和新加坡癌症科学研究所(CSI)的教授Patrick Tan教授说：“RNA分析在医学研究中非

常常用。通过使用proActiv，科学家将能够在没有任何额外实验成本的情况下识别启动子，这使得这对全世界的许多研究小组非常有意义，并为探索

其他疾病的替代启动子提供了可能性。“ 为了在更广泛的科学界推进研究，该团队已将proActiv存入公共领域，在那里可以免费用于其他学术研究人

员。

研究结果强调，启动子是癌症的生物标志物，但这并不意味着启动子会导致更严重的癌症形式。“我们尚未确定这些发起人是否像一个因火灾而被打

开的紧急标志，或者这些发起人本身就是火，”Göke博士补充道。对于新加坡的GIS团队来说，这项研究是探索这些问题的许多新可能性的第一步，也

是更好地了解我们基因在癌症中的作用的第一步。

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