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测序测试可以精确鉴定耐药结核病

由转化基因组学研究所(TGen)和加利福尼亚大学旧金山分校(UCSF)领导的两项研究记录了一种新的先进基因测序方法如何有助于阻止结核病(TB)耐药突变引起的全球日益严重的威胁。

测序测试可以精确鉴定耐药结核病

虽然结核病在美国和其他发达国家已经下降,但传染性肺细菌仍然是整个发展中国家的主要公共卫生威胁,估计会感染世界三分之一的人口。在某些地方,结核病的威胁正在增加,因为疾病的突变版本对目前的药物治疗越来越有抵抗力。

“我们相信,新的靶向测序技术可以帮助医生为耐药性结核病患者提供个性化护理,”TGen病原体基因组学部联合主任,两项研究的高级作者David Engelthaler博士说。“当在错误的时间处方使用错误的抗生素时会出现耐药性。这种新方法不仅可以帮助医生更好地治疗患者,还可以帮助减缓或阻止多重耐药结核病的全球威胁。”

其中一项TGen-UCSF研究 - 隐性微异位抗性解释结核分枝杆菌表型抗性 - 于6月14日在美国呼吸与危重病医学杂志上发表,结论是使用“有针对性的下一代测序(NGS)方法......减少测序错误。“ DNA测序系统中固有的这种错误否则将阻止检测在肺中生长的非常小的隐藏的耐药细菌群体的能力。

在这两项研究中,TGen-UCSF团队使用TGen发明的单分子重叠读数(SMOR)技术,精确识别TB的变体,即使在较旧的技术(称为Sanger测序)未发现耐药突变的情况下也是如此。 。

正在开发这种SMOR测试的一个版本,可以很容易地部署到最需要它的欠发达区域。

“目前正在开发一种用户友好的基于试剂盒的测定版本,用于新的桌面DNA测序仪,用于在有限的资源环境中进行快速药物敏感性测试,”Engelthaler博士说。“为我们欠发达的世界中的问题开发尖端的基因组解决方案似乎违反直觉,但我们正在以几乎任何地方都可以访问的方式调整该技术。”

根据美国疾病控制中心和世界卫生组织的数据,鉴定迅速变异,耐药的结核病菌株是消除这种疾病的最大挑战,根据美国疾病控制中心和世界卫生组织的数据,该疾病在2015年感染了1040万,并导致全球180万人死亡。全世界每天死亡。

“尽管我们现在处于全球社会,但我们很多人很难想象,几十年前开发的抗生素可以完全治愈的感染可以杀死更多的人,而不是癌症。不幸的是,由于国外的卫生系统被忽视和长期资金不足,高抵抗性结核病正在成为“新常态”结核病。鉴于我们一直是一个“大熔炉”国家和许多人的希望灯塔,我们肯定会在美国看到这些病例,“ John Metcalfe博士,加州大学旧金山分校医学院的肺部护理专家和副教授,以及TGen-UCSF研究的主要作者。

第二次TGen-UCSF研究 - 结核分枝杆菌继代培养导致失去潜在的临床相关异位抗性 - 9月11日发表在抗菌药物和化学疗法杂志上,也使用“超深度下一代”SMOR测序来检测潜在的抗药性变异TB。

“这份报告进一步记录了以前描述的结核分枝杆菌生物体驱动突变并对我们的抗生素产生抗药性,”梅特卡夫博士说,“并进一步强调需要进一步研究这种现象的影响。关于临床诊断和患者结果。“

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