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肠道疾病通常难以诊断 难以置信 这是基于网络的方法的来源

众所周知,肠道疾病通常难以诊断,难以置信,这是基于网络的方法的来源。我们可以尝试使用计算方法来加深了解,而不是试图了解个体症状或个体基因的作用。研究基因在复杂系统中如何协同工作,以及这些基因如何在疾病中失败。

肠道疾病通常难以诊断 难以置信 这是基于网络的方法的来源

因此,EI和QIB的Korcsmaros集团开创了实验和计算相结合的管道,该管道告诉我们哪些基因是肠道中重要的“主要调控因子”,以及哪些基因与IBD相关的基因重叠,这为在IBD中进行研究提供了新的视角。未来。

这在很大程度上需要我们观察肠道中的细胞。Paneth细胞释放抗菌肽以保护肠道免受病原体侵害,杯状细胞释放粘液以形成保护性屏障。其功能失调与IBD等疾病有关。

最近已经引入了一种有前途的理解这些细胞作用的方法。干细胞被称为类器官,可以从小鼠模型或患者中培养出干细胞,以制作人类肠道的小模型,然后可以探索不同治疗方法的效果,从而为精密医学等领域开辟了道路。

还可以对这些类器官进行修饰,以研究系统中不同细胞类型的相对重要性,并探索健康或患病细胞中不同基因之间的相互作用。科学家们曾经遇到的一个问题是,这种类器官的“丰富”(例如给我们提供更多的Paneth细胞或杯状细胞)是否为我们提供了一个现实的模型。

据博士说,这是个好消息。EI的第一位作者是AEI的学生Agatha Treveil,他说:“基于我们的转录组学分析,我们看到靶向细胞类型的明显增加,正如我们预期的使用类器官富集方法一样。”

该管道发表在Molecular Omics上,它使我们能够比较在富含Paneth细胞或杯状细胞的类器官中的基因表达与不存在的类器官。然后可以将这些与不断增长的已知基因相互作用数据库进行比较。

从本质上讲,我们可以标记调节其他基因的基因-特别是突出那些调节许多过程的基因,这些基因对于杯状细胞和Paneth细胞功能都很重要。这些基因中有许多与炎症过程和IBD重叠的发现,既证实了Paneth 细胞在IBD中的重要作用,又开辟了另一条途径来了解这一代价高昂的疾病。

阿加莎·特雷维(Agatha Treveil)继续说道:“这是建立管道以更好地了解肠道中起作用的基因网络的开创性一步。这使我们能够设计新的实验来进一步探索与IBD相关的过程。”

该项目的负责人Tamas Korcsmaros博士说:“该项目很好地代表了我们在诺里奇研究园区的协作环境,UEA,EI和QIB致力于新的实验模型,转录组学和计算方法,然后加以应用在与诺福克大学和诺威奇大学医院的临床研究人员进行的转化项目中。现在,我们有一条管道可用于调查IBD患者产生的类器官,并分析药物化合物或益生菌对这些关键细胞类型的作用。”

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