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病毒猎人通过基因组和ID新疾病相关的病毒家族

2019-05-10 08:39:25 • 来源：

宾夕法尼亚大学佩雷​​尔曼医学院的科学家们发现了一个以前不为人知的小环状DNA病毒家族，他们声称这些病毒是人类肺部和口腔中第二丰富的DNA病毒。新的病毒家族被命名为Redondoviridae- 来自西班牙语“redondo”，意思是圆形。

病毒猎人通过基因组和ID新疾病相关的病毒家族

该研究小组的研究发现，重症监护病房的重症患者肺部标本中的红细胞病毒DNA水平升高，以及未经治疗的牙龈疾病患者的口腔样本。牙龈疾病患者的病毒水平在接受牙周炎治疗后下降。

研究领导微生物学系主任Frederic D. Bushman博士和肺部，过敏和重症监护教授Ronald G. Collman博士及其同事报告了他们在细胞宿主微生物中的发现。他们在他们的论文中总结说：“这些结果表明，红细胞病毒在人类的呼吸道部位定殖并可能在几种人类疾病中出现。”该文章的标题是“Redondoviridae，一种与人类Oro-Respiratory Tract相关的小型环状DNA病毒家族”。牙周炎和危重病。“

作者写道，病毒是“地球上最丰富的生物实体”，但从历史上看，很难在群体中发现新的病毒类型，例如我们体内存在的病毒 - 人类病毒体 - 如果它们的序列不相似那些已经存在于参考数据库中的人“新的测序技术帮助我们揭开了一个新的病毒世界，”布什曼说。“然而，到目前为止，我们所拥有的大部分序列数据仍未分类，为了更好地了解人类病毒组织以及这些新物种如何与疾病相关，我们还有许多工作要做。”

佩雷尔曼医学院团队之前对来自两个器官捐献者的支气管肺泡灌洗(BAL)样本进行了分析，发现了与未定性猪病毒相似的短片段DNA。对于他们新报告的工作，该团队从多个BAL样本中查询了宏基因组数据集，并能够构建其他完整的红细胞病毒基因组。他们说：“组装霰弹枪宏基因组读数产生了完整的环状基因组，然后用于查询我们的肺病毒体样本集合，从而可以识别7个基因组。”“然后将这些基因组用作对齐目标，以询问公开可用的数据集。另外12个样本具有足够的红细胞病毒序列覆盖率，可以进行组装，产生19个完整的基因组。“

研究人员接着证实，新发现的病毒并非源自实验室中使用的临床样本或试剂的环境污染，也不是感染细菌的噬菌体病毒。随后对来自涵盖51种不同生物和环境的173个数据集中的7,500多个样本的宏基因组序列数据集进行了分析，结果表明，雷诺诺病毒家族仅在人类中发现，并且定位于人类口腔和肺部，尽管病毒DNA很少也是在肠道样本中发现。“研究人员表示，在其他动物，淡水，海洋或土壤样本(1,087种非人类生物样本)和实验室试剂(144种污染控制样本)中均未发现红细胞病毒。”

大部分雷东诺病毒阳性样本来自包括牙周病患者的研究，研究小组发现，治疗前牙龈疾病患者的雷东诺病毒DNA水平较高，然后在治疗后下降。“因此，我们得出结论，在多项研究中，红细胞病毒与牙周炎有关，并且通过有效治疗可降低水平，”他们写道。“红细胞病毒在牙周炎中的作用值得进一步研究。”有趣的是，对60名健康成人和69名重症患者的肺部样本进行的直接qPCR分析表明，尽管健康人群中存在红细胞病毒，但危重病人的病毒水平也升高。

“在这里，我们介绍了雷诺病毒科，一种在宏基因组序列数据中发现的小型环状DNA病毒，这种病毒在人肺和口咽样本中被选择性地发现，”科学家评论道。“在我们在20个人类病毒体数据集中调查的DNA病毒中，红细胞病毒是第二丰富的，仅由阿奈洛韦病毒超过。

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